Se formó de un grupo de militares que desertaron del Grupo Aeromóvil de Fuerzas Especiales (GAFE),del Grupo Anfibio de Fuerzas Especiales (GANFE) y de la Brigada de Fusileros Paracaidistas (BFP) del Ejército Mexicano, fundados en 1994 con motivo del levantamiento zapatista de Chiapas y que fueron entrenados por la Agencia Central de Inteligencia de los Estados Unidos. Por tanto, recibieron entrenamiento de elite que incluyó manejo de armas sofisticadas y trabajo de contrainsurgencia. De acuerdo con la Procuraduría General de la República (PGR), al menos 40 ex integrantes de los Gafes se han integrado a las filas de los Zetas.
Su área de influencia originaria era Tamaulipas pero más tarde extendieron su actividad a Nuevo León y Coahuila. También se han reportado movimientos en San Luis Potosí, Veracruz, Michoacán, Guerrero, Zacatecas y Sonora.
A diferencia de otros carteles de la droga en México, Los Zetas no ejercen el control sobre ningún puerto de la República para el tráfico de droga, por lo que han tenido que reforzar sus finanzas con prácticas como el secuestro y la extorsión en contra de la población civil, por lo que se han vuelto el grupo criminal más repudiado y perseguido por las autoridades y organizaciones delictivas rivales.
